Le CIC-IT de Bordeaux est dirigé par un coordonnateur médical (Pr Jean-Christophe Fricain) et par un coordonnateur délégué (PhD M Durand).
Le coordonnateur médical assure la coordination médicale et scientifique du CIC-IT et est également en charge des relations avec les tutelles du CIC-IT. Le coordonnateur délégué assiste le coordonnateur médical dans ses fonctions et assure la coordination administrative, managériale, logistique et scientifique du CIC-IT au quotidien. Le coordonnateur délégué peut également suppléer le coordonnateur médical dans certaines instances. Les coordinateurs sont à l'initiative de la mise en place d'un système de management de la qualité au sein du CIC-IT et sont ainsi garants de la mise en oeuvre des actions associées à la politique "qualité" par l'ensemble de l'équipe.Ils ont aussi la charge d’instruire les demandes de nouveaux projets soumis au CIC-IT : évaluation de l’éligibilité, recherche de partenaires, réponse aux appels d’offre.
Le coordonnateur délégué établit les budgets, devis et conventions avec les services ad hoc. Il assure ensuite le suivi des projets en termes d’attribution des ressources humaines et techniques, d’avancement des travaux (réunions et échanges divers), mise à jour des devis et contrats si nécessaire, et de rédaction/validation des rapports. Il rapporte régulièrement au coordonnateur médical toute difficulté concernant la conduite des projets et de l’équipe. Il représente aussi le CIC-IT dans les différents réseaux auxquels il appartient et établit également les bilans d’activité annuels et quadriennaux demandés par les tutelles.

Une réunion de projet mensuelle permet de discuter l’avancement des projets en cours.
Une réunion mensuelle dite de fonctionnement est régulièrement animée par le coordonnateur délégué du CIC-IT, avec toute l’équipe, afin de discuter de l'organisation et fonctionnement quotidiens de la structure.

Le secrétariat et la gestion sont assurés par Annick Bernus qui gère le circuit des commandes et l’organisation des missions pour toute l’équipe.
Elle assiste les coordonnateurs dans leur travail quotidien sur les questions administratives et de suivi de l’activité.